1824年、エマニュエル・フレミエはフランスの首都パリで生を受けました。
少年時代から優れた芸術的センスを発揮しており、やがて芸術の道へと進むことになります。 ちなみに、その芸術的才能に気づいたのは、いとこのソフィー・フレミエでした。 画家として活躍していた彼女はエマニュエル少年への援助を惜しまず、その後押しもあって、少年は13歳で国立高等装飾美術学校に入学。主に絵画を学びます。 特に、学校では動物の絵画制作に熱中し、動物の解剖に立ち会って体の構造を研究するなどしています。

そんなエマニュエル・フレミエは、やがて立体作品の分野に興味を引かれるようになり、1843年にはパリの芸術サロンに動物(ガゼル)の彫刻を発表します。 そしてそれを皮切りに、動物彫刻の作品を多く手がけるようになります。 パリのサロンで多くの賞を獲得してその名を知られるようになったエマニュエル・フレミエは、やがて公共施設に設置する彫刻や装飾の依頼を受けるようになります。

1870年代には普仏戦争のあおりを受けて一時パリから逃れましたが、戦後に復帰。パリ植物園の教授、ルーブル美術館の彫刻部門監督などを務めます。 1878年には、長年の功績がたたえられてレジオン・ドヌール勲章を授与されています。