1839年に現在の東京都で生まれました。
江戸時代の末期に歌川国芳の弟子となり、浮世絵師となります。最初の浮世絵作品は「文治元年平家の一門亡海中落ち入る図」という3枚の武者絵でした。

1866年から1867年にかけて「英名二十八衆句」を描きます。この作品は兄弟子である落合芳幾との競作で、芳年の初期の代表作です。歌舞伎の残虐なシーンを描いた無惨絵で、芳年の真価が表れた作品でした。
その後江戸から明治に移り、激動の時代の中で戊辰戦争、上野戦争が起こります。衝撃を受けた芳年は、その光景を「魁題百撰相」という作品に落とし込みました。実際に取材をし、リアリティにこだわった「魁題百撰相」は徹底的に死が描かれています。

人気が出始めた芳年は、「藤原保昌月下弄笛図」や「奥州安達がはらひとつ家の図」など代表作と呼べる作品を次々発表し、明治浮世絵の第一人者となります。文明開花によって浮世絵の需要が失われてゆく中、活躍の場を当時の人気メディアである新聞に写し精力的に作品を発表しました。 こうして「最後の浮世絵師」と呼ばれた芳年ですが、晩年は病に苦しみ、1892年に他界することとなります。54歳でなくなってしまいましたが、多作な芳年は1万点も作品を残したとされ、死の間際まで絵に没頭していました。