1814年、田能村直入は現在の大分県で生まれました。
父の三宮伝右衛門は岡藩の藩士であり、いずれは直入も侍になる道が開かれていましたが、幼い頃から絵画の天稟をあらわしていたこと、三男だった(嫡男ではない)ことから、岡藩で活躍していた画家・田能村竹田の養子となります。 竹田はその才能を高く評価しており、1834年には20歳の直入を伴って大阪に赴き、のちに幕府に対する反乱を起こす学者・大塩平八郎に引き合わせます。 平八郎のもとで、直入は陽明学を学んで教養を深めました。

しかしその翌年、大阪の地で師であり父でもあった竹田は死去。直入は数年間、大阪や京都を巡って絵画の制作に明け暮れます。 1841年、27歳の直入は大阪・堺で結社「咬菜吟社」を設立して数百人の弟子を育てます。

こうして、江戸時代後期を代表する一流の文化人のひとりとなっていった直入。30代に入ってからは宗教への興味がつのり、絵画作品を描きつつ寺院に参内し、禅宗の一派である黄檗宗の印可を授かります。 その後、明治維新を迎えるまでは一時期、故郷の岡藩に藩士として仕えました。

明治維新を迎えてからは画家・宗教家として過ごし、1870年代の後半にはのちに京都市立芸術大学となる京都府画学校の設立に携わり、1880年に開校すると初代校長となります。 退官後は私塾を開いたり、86歳で黄檗宗の寺院・獅子林院の住職になったりと活躍し、1907年に生涯を閉じるまで現役であり続けました。